Nu exista efecte adverse secundare expunerii campului magnetic folosit pentru IRM. Cu toate acestea, campul magnetic este foarte puternic. De aceea el poate afecta pacemakerele, membrele artificiale (protezele) si alte dispozitive medicale care contin fier. Magnetul va deregla un ceas care se afla in apropierea lui.

Daca pacientul prezinta fragmente metalice la nivelul ochiului, efectuarea IRM poate afecta retina. Daca exista suspiciunea ca ar exista fragmente metalice la nivelul ochiului, se recomanda efectuarea unei radiografii inainte de efectuarea IRM. In cazul in care radiografia a depistat fragmentele metalice, se interzice efectuarea IRM.

Tatuajele sau machiajul permanent pe baza de pigment ce contine fier pot provoca iritatii ale pielii.

IRM poate produce arsuri la nivelul zonelor pe care sunt aplicate diverse patch-uri la nivel cutanat. De aceea, se recomanda informarea medicului in legatura cu acest lucru.

Exista un mic risc de aparitie a unei reactii alergice in cazul in care se folosesc substante de contrast in timpul IRM. Cu toate acestea, majoritatea reactiilor sunt moderate si pot fi tratate cu antialergice. De asemenea, exista un risc scazut de infectie la nivelul venei pe care se introduce substanta de contrast.